按其气流方向，可分为水平单向流净化工作台、垂直单向流净化工作台和非单向流净化工作台。
水平单向流净化工作台：经过过滤的洁净空气自后向前直接吹向操作者，是一种通用性较强的局部净化工作台，它广泛用于电子、精密仪器、制药行业等。
垂直单向流净化工作台：垂直流指的是经过过滤的洁净空气自上而下吹向超净台台面，然后再向前后吹出超净台，垂直流净化工作台通常在实验室、生物制药、电子等领域使用。
按照操作方式来对它们进行分类，净化工作台可以分为：单人单面净化工作台、单人双面净化工作台、双人单面净化工作台、双人双面净化工作台、三人单面净化工作台等。
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